La Compañía de Jesús en Chile informó, mediante un comunicado, que impuso al P. Juan Pablo Cárcamo la medida de prohibición por diez años de acompañamiento espiritual de personas y dirección de retiros espirituales, además de la supervisión periódica por parte de dos jesuitas en el ejercicio de su ministerio sacerdotal.
La investigación canónica fue realizada por el abogado Sr. Waldo Bown y luego de consultar a canonistas, el provincial de los Jesuitas «ha adoptado esta medida frente a dos denuncias recibidas en contra del P. Cárcamo durante 2018, que no involucran a menores de edad, por hechos que, sin acreditarse como delitos canónicos, fueron consideradas transgresiones de naturaleza sexual a dos mujeres, en un caso ocurridas a comienzos de los años noventa y en el otro, a mediados de la década pasada».
En una entrevista de la revista Jesuitas Chile, sobre los 50 años del colegio San Mateo de Osorno, Cárcamo habla sobre educación y destacó su experiencia espiritual: Expresó entonces: «Mi relación con los Ejercicios Espirituales. Siento que haber recibido la gracia, desde el noviciado, de un enamoramiento con la espiritualidad ignaciana, por la obra ignaciana, ha sido el motor de mi existencia. Desde ahí me metí a estudiar educación; desde ahí he publicado los cuatro libros que he hecho; y desde ahí he aprendido a conocer a los pobres a través de los Ejercicios. Estoy profundamente agradecido de pertenecer a una congregación con una identidad tan potente como la nuestra con su espiritualidad. El gran medio que tenemos los jesuitas son los Ejercicios Espirituales y sus infinitos modos de adaptación».